Gen kromozom teorisi, genlerin bir kalıtım birimi olarak kromozomlar üzerinde belirli kısımları oluşturan nükleotid dizilerinden oluştuğunu öne sürer. Kromozomun kesitleri olan genlerin işlevleri, özellikleri ve büyüklükleri farklı şekillerdedir. Bu teori, canlılardaki genetik karakterleri belirleyen genlerin kromozomlar üzerinde yer aldığını ve bir canlının sahip olduğu gen miktarının kromozom miktarından oldukça fazla olduğunu açıklamaktadır.

Teori ilk olarak 1902 yılında Walter S. Sutton tarafından ortaya atılmıştır. Sutton, araştırmaları sonucunda "Genler, kromozomlar üzerinde yerleşmiş gerçek fiziksel birimler olup, bir özelliğin oluşmasında ve ortaya çıkmasında iki genin her biri kromozom çiftinin bir üyesi üzerinde bulunur" teorisini ortaya koymuştur. Bu çalışma, zamanla başka araştırmalara zemin hazırlamış ve gen-kromozom teorileri adını almıştır.

Alel gen, bir karakter üzerinde aynı ya da farklı yönde etkili olan iki ya da daha fazla genden oluşan genlerden biridir. Bu genler, bir tanesi anneden, bir tanesi babadan gelir ve homolog kromozomların lokus denilen karşılıklı bölgelerinde yer alır.

Dominant gen, kromozom üzerindeki baskın özellikteki geni ifade eder. Alel genlerden birisi bile baskın olduğunda, bunun etkisi fenotipte (dış görünüş) ortaya çıkar.

Resesif gen, çekinik bir gendeki özellikleri ifade eder. Bir fertte alel genlerden biri bile baskın olsa, baskın genin etkisi fenotipte ortaya çıkar, resesif genin etkisi ise sadece iki alel de resesif olduğunda görülebilir.

Homozigotluk, bir karakter için aynı yönde etkili alel gen taşıyan bireyleri ifade ederken, heterozigotluk bir karakter için farklı yönde etkili alel genleri taşıyan bireyleri ifade eder. Bu kavramlar, arı döl ve melezleme olaylarıyla yakından ilişkilidir.

Genotip, bir canlının genetik yapısını ifade ederken, fenotip bu genetik yapının dış görünüşteki yansımasını ifade eder. Genotip, fenotip üzerinde belirleyici bir rol oynar ve genetik varyasyonlar fenotipik çeşitliliğe yol açar.

Melezleme, farklı genotiplerdeki bireylerin çaprazlanması sonucu oluşan yeni gen kombinasyonlarını ifade eder. Bu süreç, genetik çeşitliliği artırır ve genetik araştırmalarda önemli bir yer tutar.

Gen kromozom teorisi, genetik biliminde devrim niteliğinde bir adım olmuştur ve bu alandaki birçok modern araştırmanın temelini oluşturmuştur. Bu teori, genetik materyalin nasıl aktarıldığını ve çeşitlendiğini anlamamıza yardımcı olurken, aynı zamanda genetik hastalıkların ve özelliklerin mekanizmalarını da aydınlatmaktadır.